Nachdem du Mesnil du Buisson seine Ausgrabungen in Mischrife eingestellt hatte, blieb der Ort für Jahrzehnte sich selbst überlassen und von Archäologen unbeachtet. Das Dorf Mischrife wuchs unterdessen und breitete sich über weite Teile des

westlichen und südlichen Stadtgebietes von Qatna aus. 1980-1982 veranlasste deshalb die syrische Direction Générale des Antiquités et des Musées eine Umsiedlung der Bewohner Mischrifes in einen neuen, außerhalb der Wälle errichteten Ort, um die archäologische Stätte vor Schäden zu bewahren und erneute Ausgrabungen zu ermöglichen. Nachdem 1993 zunächst durch Ali Abou Assaf Restaurierungsarbeiten am westlichen Stadttor ausgeführt wurden, nahm Michel Al-Maqdissi von 1994 bis 1998 die Ausgrabungen an mehreren Stellen des Stadtgebietes wieder auf, so etwa am Westtor (Operation E), am Nordtor (Operation F), am Ost-, Süd- und Westhang des zentralen Hügels (Operationen A, B, C) und weiter südlich im Stadtgebiet (Operation D).

Im August 1999 legte eine Kooperationsvereinbarung zwischen der Direction Générale des Antiquités et des Musées, der Università degli Studi di Udine und der Eberhard Karls Universität Tübingen die Grundlage für eine neue Phase in der archäologischen Erforschung Qatnas. Die syrisch-italienisch-deutschen Ausgrabungen wurden von 1999 bis 2003 als internationales Projekt unter der Leitung von Michel Al-Maqdissi (1999 zunächst Ammar Abdulrahman), Daniele Morandi Bonacossi und Peter Pfälzner durchgeführt. 2004 wurde eine organisatorische Umgestaltung des Projekts vollzogen. Seitdem werden die Forschungen von drei Missionen in Qatna fortgeführt, einer syrischen unter Leitung von Michel Al-Maqdissi, einer syrisch-italienischen unter Leitung von Daniele Morandi Bonacossi und Michel Al-Maqdissi und einer syrisch-deutschen unter Leitung von Peter Pfälzner und Michel al-Maqdissi bzw. Hikmet Awad (seit 2010). Ziel ist nach wie vor die Erkundung der Geschichte, der kulturellen Beziehungen und der natürlichen Umwelt der Stadt.

Die syrische Mission konzentrierte sich zunächst auf die Grabungsstelle C am Westhang der Akropolis, führt aber auch Ausgrabungen im nordöstlichen Stadtgebiet (Operation O) und an diversen anderen Stellen der Stadt aus. An den Ausgrabungen des Königspalastes war sie 2003 im Süden des Thronsaals beteiligt (Operation R). Die syrisch-italienische Mission erkundete in Operation J auf der Kuppe der Akropolis die Siedlungsabfolge und legte in der nördlichen Unterstadt ein großes Gebäude, den so genannten Unterstadtpalast frei (Operation K). Weiterhin führte sie geomorphologische Untersuchungen durch, die Bestandteil der Bemühungen um eine Rekonstruktion der Umwelt von Qatna sind. Ausgrabungen im Ostteil des Königspalastes werden vom vom syrisch-italienischen Team (Operation H) durchgeführt. Das syrisch-deutsche Team konzentriert sich seit 1999 durchgehend auf den zentralen und westlichen Teil des Königspalastes (Operation G).